系统架构

Qiongli 2 通过 Rust CLI、Plugin/Skills 和 Lite/Full MCP 提供研究指导与工具。 模型、认证和会话由你使用的 Host 管理；穷理负责研究记录、来源关联、项目操作和安装收据。 默认 CLI 构建不需要保留的桌面应用。

多个入口，共用一套来源

content/ 保存共享 Skills、工作流、模板和公开 MCP 契约，qiongli-content 将它们生成内嵌资源包。packages/qiongli-native/ 下的原生服务读取这些资源， 统一管理项目状态、修订号、预览、批准、Graph 和 MCP 调用。CLI 与 Host 适配层使用同一套服务。

同一版本、同一平台的 GitHub、npm 和 PyPI 包携带相同的可执行文件，Cargo 则从源码构建。 原生包构建器共用产品描述，各渠道提供自己的启动包装和安装说明。 旧 Python/npm 产品源码保留用于兼容参考。

CLI 导出的 Plugin 包含共享 Skills 与 Full MCP，原生 Marketplace 平台 Plugin 包含 Lite MCP。 Host 读取 Plugin 缓存并启动 stdio 进程，通常无需另装 MCP 包或保持终端运行。 详见 Plugin 内容。

研究修改与证据

CLI、Full MCP 和保留的 App 使用相同的项目服务与修订规则。 Graph 根据已保存的研究记录展示关系，保留论点 ID、citekey 和来源位置， 不会把总结或审稿意见变成新的原始证据。可以查看 Graph 示例。

Lite 提供有范围限制的文献与 Zotero 工具，Full MCP 在此基础上增加项目操作。 写入工具 qiongli_project_capture_apply 会重新检查预览，要求计划摘要匹配， 且 approve_filesystem_write=true。进程内 ToolHost 仍只读，并拒绝这项写入。 一次操作获准不代表可以任意修改。直接访问 Zotero 使用本地 Companion； 无法连接时仍可生成导入文件内容。

子代理通过 Host 的实际工具运行。跨 Host 交接包将限定来源和候选稿交回一个协调代理， 不会转交正式项目的写入权限。现有交接方式和暂不提供的自动化能力，见 协作指南。

决策与维护

架构由 docs/architecture/decisions/ 下已接受的 ADR 管理。 ADR 0218 明确 CLI 优先、由 Host 执行模型的方向；ADRs 0219–0223 定义原生分发， ADR 0224 定义确认后的 Host 注册，ADR 0227 将整合后的 main 作为正式版来源， 2.x 继续用于预发布。合并本身不代表发布或 Host 实际使用已经通过验收。

Tauri/Svelte、App API 和此前的 ACP/All Chat 工作按已接受决策保留维护或推迟处理， 不是使用 CLI 的前提。入口行为不一致时，应修复共享实现，再重新生成受影响的输出。 详见仓库结构与编辑约定， 不要改写已接受的决策历史。